区分本罪与非罪的界限关键在于是否足以造成严重食物中毒事故或者其他严重性食源性疾患。如果行为人生产、销售不符合卫生标准的食品，不足以造成严重食物中毒事故或者其他严重食源性疾患，且销售金额在五万元以下，应不构成犯罪，属一般违法行为。但是销售金额在五万元以上的，应依本节第149条之规定构成生产、销售伪劣产品罪。
本罪与生产、销售伪劣产品罪的界限
根据本节之规定，行为人既构成生产、销售不符合卫生标准的食品罪，又构成生产、销售伪劣产品罪的，按处罚重的罪论处。如果行为人生产、销售不符合卫生标准的食品，没有造成法定的危害结果，但销售金额在五万元以上的，也构成生产、销售伪劣产品罪。两罪有如下不同：
1、侵犯的客体不同。前者侵犯了国家食品卫生管理制度和公民的健康权、生命权；而后者则侵犯了国家产品质量监督管理制度和消费者的合法权益。
2、犯罪对象不同。前者的犯罪对象仅限于不符合卫生标准的食品，而后者的范围比较广泛。
3、构成犯罪的标准不同。前者是危险犯，只要足以造成严重食物中毒事故或者其他严重食源性疾患即可构成，而后者则是数额犯，即生产、销售伪劣产品罪的构成要求“销售金额在五万元以上”。
本罪与重大责任事故罪和玩忽职守罪的界限
两者区别的关键在于：重大责任事故罪和玩忽职守罪是过失犯罪，对食品不符合卫生标准在主观上是不明知的，而生产、销售不符合卫生标准的食品罪是故意犯罪，行为人对食品不符合卫生标准在主观上处于明知状态。