（一）区分本罪与非罪的界限
贪污罪作为一般贪污行为的特殊形式，除具有一般贪污违法行为的共性外，还具有自身的特性。构成贪污罪的贪污行为，还具有贪污数额和情节上的要求。因此，认定贪污罪与一般贪污违法行为时，应把握以下方面:
1、要看行为人贪污的数额是否达到5干元。其中，贪污的数额按累计方法计算。对于行为人贪污的数额达到5千元的，无论其情节如何，均构成贪污罪;而对于贪污的数额尚未达到5千元的，一般应视为一般贪污违法行为，
2、要看行为人的贪污情节。其中，贪污情节主要针对贪污数额不满5千元的贪污行为。如果贪污数额不满5千元，贪污情节较轻时，对该贪污行为就应认定为一般贪污违法行为;如果贪污数额不满5千元，但贪污情节较重时，对该贪污行为就应认定为贪污罪。其中，贪污情节是否属于较重或较轻范围，一般应从以下方面进行综合分析、界定:一看行为人的一贯表现;二看行为人贪污行为的动机和目的;三看行为人所贪污的公共(国有)财物或非国有单位财物的性质、用途;四看行为人贪污的手段;五看贪污行为所造成的后果;六看行为人的悔罪表现。根据1999年9月16日最高人民检察院发布施行的《关于人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定》(试行)的规定，个人贪污数额不满5千元，但具有贪污救灾、抢险、防汛、防疫、优抚、扶贫、移民、救济款物及募捐款物、赃款赃物、罚没款物、暂扣款物，以及贪污手段恶劣、毁灭证据、转移赃物等情节的。
（二）贪污罪既遂和未遂的认定
所谓贪污罪的既遂，是指行为人所故意实施的非法占有公共(国有)财物或非国有单位财物行为，已具备了贪污罪构成的全部要件，同时产生了危害结果。因此，认定贪污罪既遂与否，应把握以下两点:
1、看行为人的贪污行为，是否符合贪污罪构成要件的特征。其中，衡量非法占有的标准，是行为人是否实际已非法占有了公共(国有)财物或非国有单位的财物。如果已实际非法占有了，即视为既遂。
2、看行为人的贪污行为，是否造成了客观的危害结果。其中，衡量造成了客观危害结果的标准:一是贪污数额实际上已达到5千元; 二是贪污数额虽然实际上尚未达到5千元，但客观上存在贪污情节较重的事实。
对于符合上述两方面的贪污行为，就可以认定为贪污罪既遂。
（三）贪污罪共同犯罪的认定
所谓共同贪污犯罪，是指二人以上共同实施的贪污犯罪行为。它有以下特点:一是贪污行为人必须是两个人(含二人)以上，二是行为人共同实施了非法占有公共(国有)财物或非国有单位财物的行为;三是行为人之间具有共同贪污的故意;四是各共同贪污犯罪人在共同故意支配下，彼此联系，互为条件;五是共同贪污行为造成了总和犯罪结果。即贪污总额是每个共犯共同故意造成的统一结果。
（四）经济承包活动中贪污罪的认定
经济承包是我国当前经济生活中的一种重要经营方式。就其类型而言，包括两种:一是经营权型承包，即发包方由经营管理为主变为监督管理为主，而承包方受发包方的委托直接对承包对象进行经营管理。它的特点是，承包对象的所有权与使用权发生了分离，即发包方仍对承包对象享有所有权，而承包对象的使用权则归承包方享有。二是劳务型承包，即发包方与承包方围绕着劳动报酬规定各自的权利和义务，以承包方实现所承包的最终生产经营成果指标作为分配的依据，承包方并因而相应地享有较大的生产经营自主权和承担较大的生产经营责任。它的特点是:承包方接触、使用生产资料的过程，是一种生产过程，而非管理、经营活动。同时，承包方对接触、使用的生产资料并不具有管理、处分权，因此，根据本法第271条第2款和本条第2款规定，只有经营权型承包中的承包人，才有利用职务的便利，实施侵吞侵占、窃取、骗取或以其他手段非法占有发包方财物的可能，才有成为贪污罪主体的可能。所以，在认定经济承包活动中的贪污罪时，首先要确定该类承包是否属于经营权型的承包。然后把握以下方面:
1、正确认定承包人是否具备贪污罪的主体资格。
2、正确认定承包人所侵犯的财产是否是国有财产或被承包的非国有单位的财产。
（五）股份制企业中贪污罪的认定
所谓股份制企业，是指全部注册资本由全体股东共同出资，并以股份形式投资开办的企业。据《中华人民共和国公司法》(l993年R月29日)、《中华人民共和国全民所有制工业企业法》(l988年4月l3日)、《中华人民共和国中外合资经营企业法》(l979年7月1日)、《中华人民共和国中外合作经营企业法》(l988年4月13日)和《中华人民共和国外资企业法》(l986年4月l2日)以及《中华人民共和国私营企业暂行条例》(l988年6月3日)规定，股份制企业包括两类:一是有限责任公司。即由两个以上股东共同出资，股东以其所认缴的出资额对公司承担有限责任的企业法人。它又可分为:国有有限责任公司即国有独资公司、非国有有限责任公司以及国家机关、国有公司、企业、事业单位和人民团体同其他非国有经济组织，共同出资创办的有限责任公司。其中，非国有有限责任公司又包括:劳动群众集体投资创立的有限责任公司、非国有企业之间共同投资创立的联营性质的有限责任公司、外商投资创立的有限责任公司和港澳台商投资创立的有限责任公司;二是股份有限公司。即全部注册资本由等额股份构成，并通过发行股票募集资本的企业法人。因此，股份制企业的资本，既可以具有国有财产属性，也可以具有非国有财产属性。所以说，股份制企业属于公司范畴。据本法第27l条规定，在股份制企业中存在贪污犯罪的可能。
（六）三资企业中贪污罪的认定
所谓三资企业，是指中外合作经营企业、中外合资经营企业和外资企业的统称。它是股份制企业的一种特殊形式。
（七）经济联合体中贪污罪的认定
（八）科技人员兼职活动中贪污罪的认定
（九）有奖销售、储蓄活动中贪污罪的认定
（十）保险、邮政部门贪污罪的认定
（十一）公务活动中接受礼物行为的认定
中共中央办公厅、国务院办公厅关于对党和国家机关工作人员在国内外交往中收受礼品实行登记制度的规定》(1995年4月30日)规定:党和国家机关工作人员在国内外交往中，不得收受可能影响公正执行公务的礼品馈赠，因各种原因未能拒收的礼品，必须登记上交。须登记的礼品，自收受礼品之日起一个月内由本人如实填写礼品登记表，并将登记表交所在机关指定的受礼登记的部门。
(十二)区分贪污罪与盗窃罪、诈骗罪、侵占罪的界限
侵吞、窃取、骗取是贪污罪的三种基本行为形态，这使贪污罪与盗窃罪、诈骗罪、侵占罪在行为形态上具有相似性。
两者的主要区别是:
(1)犯罪主体不同。前者是特殊主体，只有国家工作人员以及受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有资产的人员才能实施;而后者的主体是一般主体，任何有刑事责任能力的人都可以实施。
(2)犯罪客观方面不同。前者是行为人利用本人职务上的便利，以侵吞、窃取、骗取或者其他手段非法占有公共财物;后者则是单纯以盗窃、骗取、侵占的方法非法占有公私财物，犯罪手段与行为人的职务、职权或地位及其便利条件无关。是否利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取公共财物，是区分贪污罪与盗窃罪、诈骗罪、侵占罪的关键。
(3)犯罪客体和犯罪对象不同，前者侵犯的是复杂客体，行为同时侵犯了公务行为的廉洁性和公共财产所有权，犯罪对象仅限于公共财物;而后者则仅侵犯了公私财产所有权，犯罪对象是公私财物。