1.概念区别
破坏计算机信息系统罪是指违反国家规定，对计算机信息系统功能或计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据和应用程序进行破坏，后果严重的行为。非法侵入计算机信息系统罪是指违反国家规定，侵入国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统的行为。
2．犯罪主体特征
破坏计算机信息系统罪的主体为一般主体，即年满16周岁具有刑事责任能力的均可构成本罪。实际能构成此罪的，通常是那些精通计算机和网络技术、知识的专业人员，如计算机程序设计人员、计算机操作、管理维修人员等。非法侵入计算机信息系统罪的犯罪主体是一般主体。凡是达到刑事责任年龄和具备刑事责任能力的人实施非法侵入计算机信息系统的行为均可构成本罪，包括在境外对我国国家事务、国防建设、尖端科学技术领域计算机信息系统实施非法入侵的外国人。
3．犯罪客体特征
破坏计算机信息系统罪所侵害的客体是计算机信息系统的安全。对象为各种计算机信息系统功能及计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据和应用程序。非法侵入计算机信息系统罪所侵害的客体是国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统的安全。此处所指安全就是指信息系统的完整性和保密性。对象是特定计算机信息系统，即涉及国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统。
4．犯罪的主观方面
破坏计算机信息系统罪在主观方面必须出于故意，过失不能构成本罪。如果因操作疏忽大意或者技术不熟练甚或失误而致使计算机信息系统功能，或计算机信息系统中存储、处理者传输的数据、应用程序遭受破坏，则不构成本罪。非法侵入计算机信息系统罪的主观方面是故意。也就是说，行为人清楚地知道，自己的行为是违反了国家的规定，会产生非法侵入国家重要的计算机信息系统的危害后果，而这种结果是自己希望或放任这种结果发生的。
5．犯罪的客观方面
破坏计算机信息系统罪在客观方面表现为违反国家规定，破坏计算机信息系统功能和信息系统中存储、处理、传输的数据和应用程序，后果严重的行为。根据本条规定，包括下列3种情况：
（1）破坏计算机信息系统功能。即对计算机信息系统功能进行删除、修改、增加、干扰，造成计算机信息系统不能正常运行。所谓计算机信息系统，是指由计算机及其相关的和配套的设备含网络、设施构成的，按照一定的应用目标和规则，对信息进行采集、加工、存储、传输、检索等处理的人机系统。功能多种多样，如进行文件编辑、采集、加工、存储、打印、传输、检索或者绘图、显像、游戏等，可用于不同行业、不同目标。同行业、不同目标的计算机系统其具体功能又会有所区别，如航空铁路售票、气象形势分析、预测、图书、报刊管理、企业经营管理等。无论用于何种行业或者用于何种目标，只要对其功能进行破坏即可构成本罪。
（2）破坏计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据和应用程序。所谓数据，在这里是指计算机用以表示一定意思内容或者由其进行实际处理的一切文字、符号、数字、图形等有意义的组合，所谓计算机中存储、处理、传输的数据，则是指固定存储中计算机内部随时可供提取、查阅、使用的数据，或者已经进入计算机在进行加工、处理以及通过线路而由其他计算机信息系统传递过来的数据。所谓记算机程序，是指为了得到某种结果而可以由计算机等具有信息处理能力的装置的代码化指令序列。或者可被自动转换成代码化指令序列的符合化指令序列或者符合化语序列，至于计算机应用程序则是指用户使用数据的一种方式，是用户按数据库授予的子模式的逻辑结构，收发室对数据进行操作和运算的程序。对计算机信息系统的数据、应用程序进行破坏，是指通过输入删除、修改、增加的操作指令而对计算机信息系统中存储、处理或者传输的数据和应用程序进行破坏的行为。
（3）故意制作、传播计算机病毒等破坏性程序，影响计算机系统正常运行。
所破坏性程序，是指隐藏于计算机信息系统中的数据文件、执行程序里的能够在计算机内部运行，对其功能进行干扰、影响的一种程序。计算机病毒，作为一种破坏性程序的典型，是指编制或者在计算机程序中插入的破坏计算机功能或者毁坏数据，影响计算机使用，并能自我复制的一组计算机指令或者程序代码。所谓制作，是指创制、发明、设计、编造破坏性程序或者获悉技术制作破坏性程序的行为。所谓传播，则是指通过计算机信息系统含网络输入、输出计算机病毒等破坏性程序，以及将已输入的破坏性程序软件加以派送、散发等的行为
。非法侵入计算机信息系统罪在客观方面表现为违反国家规定，侵入国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统的行为。
（1）“非法”囊括的内容
非法，在本罪中是指“违反国家规定”，主要是指违反《计算机信息系统安全保护条例》、《全国人民代表大会常务委员会关于维护互联网安全的决定》、《计算机信息系统保密管理暂行规定》、《计算机信息系统国际联网保密管理规定》等，违反上述条例、决定、规定均视为违反国家规定。
（2）“侵入”一词的含义
“侵入”，就是没有取得国家有关主管部门的合法授权或批准，通过计算机终端访问国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统或者进行数据截收的行为。例如，使用非法手段获取口令或者许可证明，随后，冒充合法用户，进入国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统。此处“侵入”不包括对自然环境的侵入，如非法进入这些领域的计算机机房、终端操作室等。同时应当指出，虽然纯过失的侵入行为也是大量存在的，但更多的“侵入”行为通常是预备行为，是为着手犯罪制造条件的，由于国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统具有特殊重要性，刑法把“侵入”行为本身规定为犯罪，而不以发生特定的犯罪结果作为构成要件。