二罪的区别之一：犯罪主体不同。
挪用公款的犯罪主体是特殊主体，国家工作人员和以国家工作人员论的人员。挪用特定款物罪的主体是经手、管理特定款物的工作人员，也就是对特定款物有调拨、保管、分配、使用的直接责任人员。
二罪的区别之二：犯罪目的不同。
挪用公款罪的目的是为了个人使用或者为他人进行非法活动、营利活动;挪用特定款物罪的目的是为了单位另行使用。将特定款物用于改建楼堂馆所等。如将特定款物归个人使用，按第三百八十四条二款挪用公款罪从重处罚。
二罪的区别之三：
犯罪客体不同。
挪用公款罪侵犯的客体室复杂客体，主要是国家工作人员的职务廉洁性，其次是侵犯了国家对公共财产的使用、处分权;挪用特定款物罪侵犯的客体室国家财经管理制度及国家对特定款物的管理权。
二罪的区别之四：犯罪的客观方面不同。
挪用公款罪表现为行为人利用职务上的便利，实施了挪用公款数额较大的行为;挪用特定款物罪表现为行为人将自己保管或经手的特定款物，未经批准，擅自调拨，用于其他方面。实施挪用特定款物，情节严重，挪用数额巨大，影响恶劣，这种挪用行为无论是用于非法用途还是合法用途，都构成挪用。致使国家和人民群众利益遭受重大损失的行为。
二罪的区别之五：犯罪对象不同。
挪用公款罪的犯罪对象是公款，仅限于货币资金，既国家和劳动群众集体所有的货款资金，也包括由国家和集体管理使用，储存等私人所有的货币。不包括物资。挪用特定款物罪的犯罪对象是特定的，是用于救灾、抢险、防汛、扶贫、优抚、移民、救济的款物，这些特定款物必须专用，既可以是钱，也可以是物。