1、藏、包庇的犯罪主体问题 窝藏、包庇的主体是一般主体，即任何达到刑事责任年龄，具有刑事责任能力，实施了窝藏、包庇犯罪的人的行为的自然人，都可以成为窝藏、包庇罪的主体，独立构成窝藏、包庇罪，在实践中，应注意以下问题：
（1）犯罪分子本人不能成为窝藏、包庇罪的主体 犯罪分子在犯了罪以后，往往自行隐避或者毁灭、伪造证据，逃避司法机关的搜查、追捕，虽然说这种行为也必然妨害司法机关对刑事案件的刑事追诉和刑罚执行活动，其实，犯罪分子的这种行为仍然包括在行为人先行实施的行为所构成的要件之内，不具有单独评价意义，只有当行为人后续实施的行为不能为先行行为构成的犯罪所包括，才具有重新的评价意义，构成新的犯罪。
（2）共同犯罪人相互之间不能成为窝藏、包庇罪的主体。 共同犯罪即二人以上共同犯共同故意犯罪，如果共同犯罪的行为人相互窝藏、包庇的，不单独构成窝藏、包庇罪，而应按共同犯罪处理。
2、窝藏、包庇罪的犯罪对象问题
我国现行《刑法》法典第三百一十条规定，“明知是犯罪的人为其提供隐藏处所、财物、帮助其逃匿或作假证明包庇的……”这说明，我国刑法规定窝藏、包庇的对象是犯罪的人。既没有行为人应判刑罚种类及程度的限制，也没有行为人犯罪性质的限制。这里，所谓犯罪的人，即包括犯罪后尚未抓获畏罪潜逃的犯罪人，也包括被逮捕、关押后脱逃的未判决犯和已判决犯。至于他们犯什么罪，可能判处或已判处什么刑罚，则不影响本罪的成立，但在量刑时，可以作为窝藏、包庇犯罪的重要情节考虑。作为窝藏、包庇对象的犯罪的人可以分为判决前的犯罪分子和判决后的犯罪分子。判决前的犯罪分子包括：犯罪后尚未被司法机关发现的犯罪分子；已被司法机关发现是犯罪分子但司法机关尚未决定采取强制措施，或者是已决定采取强制措施，但尚未判决而破坏了强制措施后逃跑的。已过追诉时效的犯罪分子不能成为窝藏、包庇的对象。判决后的犯罪分子是指判决后应被执行刑罚的犯罪分子。因此，虽然经过判决，但不应被执行刑罚的人不是窝藏、包庇罪的对象：被判处免予刑事外分，免除处罚的人；刑罚已经执行完毕的人；被宣告缓刑且未犯新罪的犯罪分子；被假释后未犯新罪的犯罪分子。
3、“事前通谋的，以共同犯罪论处”如何理解
关于此问题，《最高人民法院关于窝藏、包庇罪中“事前通谋的，以共同犯罪论处”如何理解的请示答复》（1986年1月15日）明确为：“我国刑法第一百六十二条第三款所说的‘事前通谋’，是指窝藏、包庇犯罪与被窝藏、包庇的犯罪分子，在犯罪活动之前，就谋划或合谋，答应犯罪分子作案后给以窝藏或包庇的，这和刑法总则规定共犯的主客观要件是一致的。如反革命分子或其它刑事犯罪分子，在犯罪之前，与行为人进行策划，行为人分工承担窝藏或答应在追究刑事责任时提供虚假证明来掩盖罪行等等。因此，如果只是知道作案人员要去实施犯罪，事后予以窝藏、包庇或者事先知道作案人员要去实施犯罪，未去报案，犯罪发生后又窝藏、包庇犯罪分子的，都不应以共同犯罪论处，而单独构成窝藏、包庇罪。”
4、严格区分窝藏、包庇罪与知情不举的界限
知情不举，是指明知他人犯罪而不检举告发的行为。窝藏、包庇罪与知情不举在表现形式上比较相似，二者主要区别在：
（1）客观表现形式：窝藏、包庇罪是对明知是犯罪的人而为其提供隐藏处所、财物，帮助其逃匿或者作假证明包庇的行为；知情不举是明知是逃匿的犯罪分子而不向司法机关举报，放任其逍遥法外的行为。
（2）行为方式区别：窝藏、包庇罪是以积极的作为实施犯罪的；而知情不举则是以消极的不作为方式实施犯罪的。
（3）行为性质及法律后果：窝藏、包庇是一种犯罪行为，实施窝藏、包庇行为和行为人要受到国家司法机关的刑事制裁；知情不举，我国刑法没有将其规定为犯罪行为，但对于知情不举的行为应予批评教育或党纪、政纪处分，但不能认为是犯罪行为。