包庇罪和帮助逃避处罚罪主观方面都是出于故意，行为人都有帮助犯罪分子逃避处罚的目的；其犯罪行为的实施，都对司法机关的正常活动构成了侵犯。但二罪之间有所区别：
 
　　（1）犯罪主体不同：包庇罪是一般主体，帮助犯罪分子逃避处罚罪则是特殊主体，即只能是负有查禁犯罪活动职责的国家机关工作人员。
 
　　（2）客观方面的表现形式不同：包庇罪是以向司法机关做假证明等妨害证据的方式实施的，但根据刑法第362条规定，旅馆业、饮食服务业、文化娱乐业、出租汽车业等单位的人员，在公安机关查处卖淫、嫖娼活动时，为违法犯罪分子“通风报信” ，情节严重的，也应当以包庇罪处罚。；而帮助犯罪分子逃避处罚罪则表现为向犯罪分子通风报信、提供便利，帮助犯罪分子逃避处罚。
 
　　（3）犯罪客体不同：包庇罪所侵害的客体是司法机关正常的刑事诉讼活动；帮助犯罪分子逃避处罚罪所侵害的客体是国家机关的威信和正常活动，是一种渎职行为。
 
　　（4）犯罪对象不同：包庇罪的犯罪对象是犯罪后的潜逃者、已被采取强制措施而羁押的犯罪嫌疑人、被告人和从服刑的关押场所脱逃的罪犯以及被判处管制、附加刑正在执行刑罚的罪犯；帮助犯罪分子逃避处罚罪的犯罪对象必须是犯罪分子，其中包括犯罪之后，潜逃在外，尚未抓获的犯罪分子，也包括尚未被司法机关发觉的犯罪分子。